Una nueva variante potencialmente altamente transmisible del SARS-CoV-2 descubierta en el sur de África, B.1.1.529 (u Omicron) tiene a las organizaciones de salud pública y a los gobiernos en alerta. B.1.1.529 es la variante más divergente identificada en un número significativo, con más de 30 mutaciones en el gen S, lo que genera preocupaciones sobre el control y la prevención de enfermedades. Debido a las preocupaciones sobre un cambio perjudicial en la epidemiología de COVID-19, la OMS designó B.1.1.529 como una variante de preocupación el 26 de noviembre de 2021. Los funcionarios de salud indican que se necesita más información para comprender si Omicron es más transmisible o severo que otras variantes, incluido Delta. Actualmente, la OMS solicita a los países que:
La ventaja del gen S
Las pruebas de diagnóstico Applied Biosystems TaqPath COVID-19 utilizan un diseño de objetivos múltiples para compensar las variantes y mutaciones emergentes del SARS-CoV-2. Además, las pruebas TaqPath son únicas entre las pruebas moleculares más utilizadas en el sentido de que el diseño de múltiples objetivos incluye un objetivo del gen S. Se ha descubierto que la variante Omicron incluye la mutación 69-70del del gen S, identificada por primera vez como una mutación en la variante Alfa. Esta mutación provoca un abandono del objetivo del gen S en los resultados de los kits de detección TaqPath COVID-19 ampliamente utilizados. Un fallo del gen S no significa que el resultado sea negativo, solo que no se detectó el gen S. Varias organizaciones de salud pública han señalado que este patrón de detección (es decir, abandono del gen S) se puede utilizar como marcador para esta variante, a la espera de la confirmación de la secuenciación.
Los CDC europeos de la OMS destacan el abandono del gen S para la identificación temprana de B.1.1.529
Como se indicó anteriormente con la variante alfa, la OMS, los CDC europeos y los CDC africanos informan que el abandono del gen S de los kits TaqPath COVID-19 seleccionados se puede utilizar como método de detección para Omicron. Según los CDC europeos, prueba de COVID-19 “La presencia de la deleción Δ69-70 significa que el fallo de la diana del gen S (SGTF) para el ensayo Thermo Fisher TaqPath se puede utilizar como método de detección para Omicron. En un entorno en el que predomina la variante Delta, esto se puede utilizar como un proxy para Omicron después de la confirmación de un subconjunto de muestras por secuenciación “. La OMS también informa: “Varios laboratorios han indicado que para una prueba de PCR ampliamente utilizada, uno de los tres genes diana no se detecta (llamado abandono del gen S o falla de la diana del gen S) y, por lo tanto, esta prueba puede usarse como marcador para esta variante, pendiente de confirmación de secuenciación. Con este enfoque, esta variante se ha detectado a tasas más rápidas que los aumentos repentinos de infección anteriores, lo que sugiere que esta variante puede tener una ventaja de crecimiento “. Tanto la OMS como el ECDC recomiendan caracterizar más las muestras que muestran abandono del gen S mediante secuenciación.
Detección confiable
Al examinar varios genes, los kits de detección TaqPath COVID-19 pueden informar los resultados del SARS-COV-2 en el caso de que una de las dianas se vea afectada por una mutación (siempre que las otras dianas no se vean afectadas y el control positivo pase) . Si bien el objetivo del gen S en la prueba se ve afectado, se ha determinado que los objetivos del gen orf1ab y N en las pruebas TaqPath COVID-19 no se ven afectados por ninguna de las mutaciones en la variante Omicron, según la evaluación de secuencias en el público de GISAID. base de datos.
Identifique las posibles variantes con anticipación para ayudar a frenar la propagación
Ser capaz de distinguir entre diferentes variantes del SARS-CoV-2 potencialmente más transmisibles es valioso para recopilar datos preliminares sobre la aparición y propagación de las variantes y linajes del SARS-CoV-2. Debido a que los patrones de detección de las pruebas TaqPath COVID-19 pueden diferir entre las diferentes variantes, los resultados de las pruebas de estos kits pueden proporcionar información inicial sobre los desarrollos en la evolución continua del SARS-CoV-2. Deben emplearse más estudios de vigilancia genética que utilicen ensayos de genotipado dirigido o técnicas de secuenciación del genoma viral completo para rastrear más a fondo este patógeno mortal. Según lo recomendado por la OMS, la notificación de casos / grupos iniciales puede ayudarnos a comprender la epidemiología actual y futura de COVID-19 e informar las medidas sociales y de salud pública.
Cómo aprender más
Obtenga más información sobre nuestros kits de prueba de diagnóstico TaqPath COVID-19:
La confirmación de la cepa variante para la vigilancia se puede lograr dirigiendo el genotipado o la secuenciación. Hay varias opciones disponibles para evaluar los aislados de investigación del SARS-CoV-2:
Se están desarrollando ensayos de genotipado específicos para detectar la variante Omicron para el Panel de mutación TaqMan de Thermo Fisher *. El panel, que actualmente se utiliza con fines de investigación, ya tiene un menú de más de 50 ensayos para evaluar los casos confirmados de COVID-19 para detectar la presencia de variantes y mutaciones conocidas.
Descubra cómo podemos ayudar a sus esfuerzos emergentes de vigilancia de mutaciones y variantes del SARS-CoV-2 con nuestras tecnologías de secuenciación Sanger y NGS.
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